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2022年3月，普瑞基准公布了有关人体细胞RNA编辑机制对新冠病毒基因组多样性影响的研究成果。研究成果在PLoS Genetics（IF=6）上发表，题为“RNA editing increases the nucleotide diversity of SARS-CoV-2 in human host cells”。该研究针对RNA病毒基因组，开发了稳健可靠的生物信息分析流程，并使用深度学习算法，基于公共数据库的新冠病毒基因组数据，提供了多维度证据，首次证实：新冠病毒在感染人体细胞后，其基因组会被人体的RNA编辑机制所广泛作用。该研究显示，人体细胞对新冠病毒的编辑信号，很可能干扰对新冠病毒的演化研究，甚至导致错误的结论，需要仔细加以甄别。此外，该研究还发现RNA编辑会导致新冠病毒产生潜在引起人体免疫应答的新生抗原，这也为新冠病毒的疫苗开发提供了新的思路。
2021年11月，普瑞基准合作复旦大学肿瘤医院胡夕春教授，完成了对HER-2双抗KN-026的I期临床分析的研究，研究成果在Clinical Cancer Research （IF=13）上发表，题为“First-in-human HER2-targeted Bispecific Antibody KN026 for the Treatment of Patients with HER2-positive Metastatic Breast Cancer: Results from a Phase I Study”。普瑞基准核心科研团队参与署名。该研究发现从I期临床数据来看，KN026耐受性良好，在HER2阳性乳腺癌患者中具有良好的安全性和抗肿瘤活性。普瑞基准基于独立开发的AIBERT平台（面向新药研发的组学数据挖掘），支持该项目的转化医学研究，包括发现创新的生物标志物，用于疗效预测。从初步数据看，该标志物能够富集疗效显著人群，显著提升用药效果。
2021年6月，普瑞基准合作北京协和医院赵海涛教授，就胆囊癌的不同演化路径及机制进行了研究，研究成果Nature Communications（IF=14.9）上发表，题为“Genomic characterization of co-existing adenoma, neoplasia, and carcinoma lesions reveals distinct evolutionary paths of gallbladder cancer（基因组分析揭示了胆囊癌从腺瘤到癌的不同演化路径）”。普瑞基准核心科研团队与北京协和医院赵海涛教授团队列名共同通讯作者、第一作者，普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究应用全外显子组测序对11例同时具有腺瘤组织、腺瘤癌变组织渐变区、癌变组织的患者组织进行克隆演化研究，详细地解析了胆囊肿瘤转化和癌变发展的轨迹。
2021年5月，普瑞基准合作北京协和医院杨佳欣教授合作，就卵巢卵黄囊瘤的基因组学、演化和耐药机制展开研究，其研究成果在Nature Communications（IF=14.9）上发表，题为“Analysis of the genomic landscape of yolk sac tumors reveals mechanisms of evolution and chemoresistance（卵巢卵黄囊瘤基因组图谱分析揭示其演化和化疗耐药机制）”。普瑞基准核心科研团队与北京协和医院杨佳欣教授团队列名共同通讯作者、第一作者，普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究对30例卵巢卵黄囊瘤患者的肿瘤样本进行全外显子组和RNA测序，利用AI驱动的癌症药物研发大数据系统（AIBERT®）进行多维度数据挖掘，解析了卵黄囊瘤化疗耐药机制。
2021年3月，普瑞基准合作北京大学肿瘤医院沈琳教授，在Journal of Clinical Oncology（IF=44.5）上发表了研究成果“Early Interdisciplinary Supportive Care in Patients With Previously Untreated Metastatic Esophagogastric Cancer: A Phase III Randomized Controlled Trial（未经治疗转移性食管胃癌患者的早期多学科支持性治疗：III期随机对照试验）”。普瑞基准团队科学家参与署名。该研究入组了328例转移的食管胃癌患者，以2:1随机分配至早期多学科支持治疗联合一线标准治疗组或一线标准治疗组。研究结果表明，早期营养及心理支持治疗联合标准一线化疗对比单纯化疗可显著延长晚期食管胃癌患者的生存时间。
2020年8月，普瑞基准合作北京大学肿瘤医院季加孚院长对非转移性胃癌中整合免疫特征和临床特征的预后模型的预测价值进行了研究，已在OncoImmunology（IF=8.11）上发表了研究成果“An integrated classifier improves prognostic accuracy in non-metastatic gastric cancer（整合多因素的预后模型可提高非转移性胃癌的预后预测准确性）”。普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究中建立了非转移性胃癌的预后预测模型，整合了18个免疫指标以及52个TCGA和GEO数据库中的癌症相关分子特征。研究结果表明，该预后模型可以精准地从未治疗组或辅助治疗组的人群中鉴定出疾病进展高风险的胃癌患者人群，该模型和临床特征的联合使用比单独分析临床特征具有更好的预后预测价值。
2020年2月，普瑞基准合作北京大学肿瘤医院季加孚院长，在Science Advances（IF=14.1）上发表了研究成果“Multi-omics characterization of molecular features of gastric cancer correlated with response to neoadjuvant chemotherapy（胃癌新辅助化疗疗效相关分子标记物的多组学研究）”。普瑞基准核心科研团队与北京肿瘤医院季加孚院长团队列名共同通讯作者、第一作者，普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究通过对35例胃癌患者的84例临床样本进行全基因组、全外显子组和RNA测序，基于多组学研究系统地评价了胃癌患者对新辅助化疗差异应答的分子机制，并找到新辅助化疗疗效相关的候选分子标记物。
2017年11月，普瑞基准合作复旦大学附属肿瘤医院赵快乐教授，对亚洲人和高加索人的食管鳞癌基因组进行了比较分析，研究结果已在Nature Communications上发表（IF=14.9），题为“Comparative genomic analysis of esophageal squamous cell carcinoma between Asian and Caucasian patient populations（亚洲和高加索食管鳞状细胞癌患者的比较基因组分析）”。普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究入组了316例中国食管鳞癌患者，与TCGA中的高加索食管鳞癌患者进行比较分析，详细地解析了种族间的显著性差异分子特征，以及揭示其预后价值的差异。
