发表论文
2023年5月
2023年5月，普瑞基准合作北京协和医院吴鸣教授、潘凌亚教授和梁智勇教授及四川大学华西二院尹如铁教授，完成了中国首个基于中国人群最大规模的上皮性卵巢癌（EOC）同源重组缺陷状态研究（N=463），研究成果在Nature子刊npj Precision Oncology（IF=10）上发表，题为“HRD Effects on First-line Adjuvant Chemotherapy and PARPi Maintenance Therapy in Chinese Ovarian Cancer Patients”。普瑞基准核心科研团队参与署名。该研究包括一线辅助化疗（FACT）和一线PARP抑制剂（PARPi）维持治疗（FPMT）两个列队，采用Precision Human HRD Assay（包含HRD score和36个DNA损伤修复通路两部分）检测，建立了HRD score的方法学（普瑞基准昂可迪Pro产品），能够准确评估肿瘤HRD状态，并验证了 HRD状态与FACT和FPMT疗效的相关性。
2022年12月
2022年12月，普瑞基准合作中山大学肿瘤中心刘继红教授，就“安尼组合”（尼拉帕利联合安罗替尼）的耐药机制进行了研究，研究成果在eClinicalMedicine（IF=17）上发表，题为“A novel combination of niraparib and anlotinib in platinumresistant ovarian cancer: Effificacy and safety results from the phase II, multi-center ANNIE study”。普瑞基准核心科研团队参与署名。该研究对入组的40例接受了尼拉帕利联合安罗替尼治疗的晚期铂耐药复发卵巢癌患者进行基因检测及数据分析，结果表明“安尼组合”在经过多线治疗复发铂耐药卵巢癌患者中显示出良好的抗肿瘤活性和可耐受的毒性；同时，通过对12例患者56份血浆样本（基线和随访）的探索性基因分析，发现PPM1D突变可能导致对“安尼组合”耐药，而SPEN突变可能与该联合治疗获得更好缓解相关。
2022年9月
2022年9月，普瑞基准合作北京协和医院潘凌亚教授，对PARPi在卵巢癌PDX中的疗效进行了研究，研究成果在Cancers（IF=7）上发表，题为“Using Patient-Derived Xenograft (PDX) Models as a ‘Black Box’ to Identify More Applicable Patients for ADP-Ribose Polymerase Inhibitor (PARPi) Treatment in Ovarian Cancer: Searching for Novel Molecular and Clinical Biomarkers and Performing a Prospective Preclinical Trial”。普瑞基准核心科研团队参与署名。该研究利用WES和HRD评分对40例卵巢癌患者的PDX进行了尼拉帕利、奥拉帕利等敏感性试验，结果与临床经验一致，验证了PDX作为体外模型，能够准确反映PARPi的疗效，更好地代表PARPi对晚期卵巢癌的个人治疗效果。
2022年3月
2022年3月，普瑞基准公布了有关人体细胞RNA编辑机制对新冠病毒基因组多样性影响的研究成果。研究成果在PLoS Genetics（IF=6）上发表，题为“RNA editing increases the nucleotide diversity of SARS-CoV-2 in human host cells”。该研究针对RNA病毒基因组，开发了稳健可靠的生物信息分析流程，并使用深度学习算法，基于公共数据库的新冠病毒基因组数据，提供了多维度证据，首次证实：新冠病毒在感染人体细胞后，其基因组会被人体的RNA编辑机制所广泛作用。该研究显示，人体细胞对新冠病毒的编辑信号，很可能干扰对新冠病毒的演化研究，甚至导致错误的结论，需要仔细加以甄别。此外，该研究还发现RNA编辑会导致新冠病毒产生潜在引起人体免疫应答的新生抗原，这也为新冠病毒的疫苗开发提供了新的思路。
2021年11月
2021年11月，普瑞基准合作复旦大学肿瘤医院胡夕春教授，完成了对HER-2双抗KN-026的I期临床分析的研究，研究成果在Clinical Cancer Research （IF=13）上发表，题为“First-in-human HER2-targeted Bispecific Antibody KN026 for the Treatment of Patients with HER2-positive Metastatic Breast Cancer: Results from a Phase I Study”。普瑞基准核心科研团队参与署名。该研究发现从I期临床数据来看，KN026耐受性良好，在HER2阳性乳腺癌患者中具有良好的安全性和抗肿瘤活性。普瑞基准基于独立开发的AIBERT平台（面向新药研发的组学数据挖掘），支持该项目的转化医学研究，包括发现创新的生物标志物，用于疗效预测。从初步数据看，该标志物能够富集疗效显著人群，显著提升用药效果。
2021年10月
2021年10月，普瑞基准合作北京协和医院潘凌亚教授，完成了上皮卵巢癌（EOC）患者PDX与原始肿瘤组学特征的相似性探索分析，研究成果在Frontiers in Oncology（IF=6）上发表，题为“Patient-Derived Xenografts Area Reliable Preclinical Model for the Personalized Treatment ofEpithelial Ovarian Cancer”。普瑞基准核心科研团队参与署名。该研究对158例EOC患者进行PDX构建，通过和配对原始肿瘤进行基因组、转录组及蛋白水平的比较以及基于铂类化疗反应的评估，发现PDX保留了原发肿瘤的组织形态学、蛋白表达和遗传模式，且其铂类化疗反应与患者高度相似，可预测预后。PDX模型可作为一种可靠的个性化和精确治疗的临床前工具。
2021年6月
2021年6月，普瑞基准合作北京协和医院赵海涛教授，就胆囊癌的不同演化路径及机制进行了研究，研究成果Nature Communications（IF=14.9）上发表，题为“Genomic characterization of co-existing adenoma, neoplasia, and carcinoma lesions reveals distinct evolutionary paths of gallbladder cancer（基因组分析揭示了胆囊癌从腺瘤到癌的不同演化路径）”。普瑞基准核心科研团队与北京协和医院赵海涛教授团队列名共同通讯作者、第一作者，普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究应用全外显子组测序对11例同时具有腺瘤组织、腺瘤癌变组织渐变区、癌变组织的患者组织进行克隆演化研究，详细地解析了胆囊肿瘤转化和癌变发展的轨迹。
2021年5月
2021年5月，普瑞基准合作北京协和医院杨佳欣教授合作，就卵巢卵黄囊瘤的基因组学、演化和耐药机制展开研究，其研究成果在Nature Communications（IF=14.9）上发表，题为“Analysis of the genomic landscape of yolk sac tumors reveals mechanisms of evolution and chemoresistance（卵巢卵黄囊瘤基因组图谱分析揭示其演化和化疗耐药机制）”。普瑞基准核心科研团队与北京协和医院杨佳欣教授团队列名共同通讯作者、第一作者，普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究对30例卵巢卵黄囊瘤患者的肿瘤样本进行全外显子组和RNA测序，利用AI驱动的癌症药物研发大数据系统（AIBERT®）进行多维度数据挖掘，解析了卵黄囊瘤化疗耐药机制。
2021年3月
2021年3月，普瑞基准合作北京大学肿瘤医院沈琳教授，在Journal of Clinical Oncology（IF=44.5）上发表了研究成果“Early Interdisciplinary Supportive Care in Patients With Previously Untreated Metastatic Esophagogastric Cancer: A Phase III Randomized Controlled Trial（未经治疗转移性食管胃癌患者的早期多学科支持性治疗：III期随机对照试验）”。普瑞基准团队科学家参与署名。该研究入组了328例转移的食管胃癌患者，以2:1随机分配至早期多学科支持治疗联合一线标准治疗组或一线标准治疗组。研究结果表明，早期营养及心理支持治疗联合标准一线化疗对比单纯化疗可显著延长晚期食管胃癌患者的生存时间。
2020年8月
2020年8月，普瑞基准合作北京大学肿瘤医院季加孚院长对非转移性胃癌中整合免疫特征和临床特征的预后模型的预测价值进行了研究，已在OncoImmunology（IF=8.11）上发表了研究成果“An integrated classifier improves prognostic accuracy in non-metastatic gastric cancer（整合多因素的预后模型可提高非转移性胃癌的预后预测准确性）”。普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究中建立了非转移性胃癌的预后预测模型，整合了18个免疫指标以及52个TCGA和GEO数据库中的癌症相关分子特征。研究结果表明，该预后模型可以精准地从未治疗组或辅助治疗组的人群中鉴定出疾病进展高风险的胃癌患者人群，该模型和临床特征的联合使用比单独分析临床特征具有更好的预后预测价值。
2020年2月
2020年2月，普瑞基准合作北京大学肿瘤医院季加孚院长，在Science Advances（IF=14.1）上发表了研究成果“Multi-omics characterization of molecular features of gastric cancer correlated with response to neoadjuvant chemotherapy（胃癌新辅助化疗疗效相关分子标记物的多组学研究）”。普瑞基准核心科研团队与北京肿瘤医院季加孚院长团队列名共同通讯作者、第一作者，普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究通过对35例胃癌患者的84例临床样本进行全基因组、全外显子组和RNA测序，基于多组学研究系统地评价了胃癌患者对新辅助化疗差异应答的分子机制，并找到新辅助化疗疗效相关的候选分子标记物。
2017年11月
2017年11月，普瑞基准合作复旦大学附属肿瘤医院赵快乐教授，对亚洲人和高加索人的食管鳞癌基因组进行了比较分析，研究结果已在Nature Communications上发表（IF=14.9），题为“Comparative genomic analysis of esophageal squamous cell carcinoma between Asian and Caucasian patient populations（亚洲和高加索食管鳞状细胞癌患者的比较基因组分析）”。普瑞基准团队多位科学家参与署名。该研究入组了316例中国食管鳞癌患者，与TCGA中的高加索食管鳞癌患者进行比较分析，详细地解析了种族间的显著性差异分子特征，以及揭示其预后价值的差异。
